Сваю місію Беларускі інстытут у Празе бачыць у садзейнічанні стварэнню шырокай прафесійнай сеткі кантактаў, што дазваляе паспяхова рэалізоўваць навуковыя праекты і папулярызаваць веды пра Беларусь і беларусаў.
Інстытут ажыццяўляе сваю дзейнасць у шчыльнай супрацы з еўрапейскім акадэмічным асяроддзем, выступае пасярэднікам паміж беларускім навуковым ландшафтам і замежнымі калегамі, імкненнецца да выпрацоўкі новых накірункаў даследаванняў.
Для Інстытута вялікую актуальнасць маюць праекты, якія разглядаюць гістарычную спадчыну і бягучыя праблемы ў шырокім кантэкце, што дазваляе ацэньваць іх месца ў будучыні.
Праз выдавецкую дзейнасць і публічныя мерапрыемствы мы імкнемся выйсці па-за вузкае кола спецыялістаў і запрасіць да дыскусіі шырокую грамадзянскую супольнасць.